Короче, 2045 год, две корпорации-GR и Neucom правят миром(мир альтернативный). Есть также типа миротворческое объединение NUN(нейтралы) и их боевое подразделение UPEO(которые реально являются пешками GR).
ДЛя связи мир пользуется Электросферой-кибер-реальностью(типа крутой версии Интернета).
ГГ вступает в UPEO и ему в команду достаются парень-безвольная няша(Эрик), весёлая девчонка(Фиона) и загадочная глава их подразделения, которой 20 лет, а она вся из себя такой крутой пилот, что круче быть не может(Рена).
По ходу выясняется, что у Рены очень тёмное и непонятное прошлое и она как-то связана с Электросферой.
Потом появляется миссия, в которй мы знакомимся с пилотами GR-Дизионом и Кейтом. Дизион сублимирован(это такой процесс, когда мозг человека переносится в Электросферу. т.е., он существует в Электросфере(но как анон понимает, имеет "тело для выхода"-в игре на это намекается). Потом можно перейти на их сторону.
Если не переходить, мы узнаём, что у Фионы есть сестра в Neucom, которая зовёт её к себе, посему она с одним крутым политиком надумала трансфер в сию корпорацию.
Во время миссии трансфера можно её сбить, можно оставить в живых и перейти за ней.
Тем временем политическая ситуация накаляется: лидер UPEO Гилберт Парк пытается отсоединиться от GR и вести свою игру(хочет уничтожить обе корпорации и стать во главе мира), посему выдаёт своим пилотам самолёты Ньюкома и заставляет мочить GR, тем самым развязывая войну.
Тем временем в GR Дизион вербует в его террористическую группировку-Уроборос, цель которой-сублимировать всех людей. В неё вступает Синтия(сестра Фионы), чем Фиона крайне недовольна. Также Уроборос какое-то время помогает Парку(хотя в уроборосовской ветке Дизион его убивает, ибо он ему был нужен именно для развязывания войны).
В то же время проливается свет на историю Рены: она родилась с болезнью Сильверстоуна(при ней нельзя выходить на солнце, можно только в скафандре), и она чувствовала себя по этому поводу крайне несчастным человеком. Вдруг ей на пути попадается Дизион, который заливает ей про Электросферу и вербует её в пилоты супер-вундервафли-Ночного Ворона. Рена соглашается, а потом понимает, что её тупо использовали(ну 9 лет ей было, в конце концов). Дизион становится её куратором на время её взросления.
В итоге, во время военных действий Дизион правит Рене мозги через Электросферу и она становится на его сторону, пилотируя сию вундервафлю.
В концовке за UPEO Эрик, ставший тру-мужиком, возглавляет восстание пилотов против Парка(он приказал перейти на сторону Уроборос) и выносит Дизиона с Парком. Рена остаётся жива и возвращает себе сознание.
В концовке за Ньюком мы знакомимся с Саймоном-компьютерным гением, который заливате нам какую-то подозрительную фигню, а в конце ВНЕЗАПНО выясняется, что ГГ-это программа, созданная Саймоном для убийства Дизиона, а всё то, что мы видели-это Матрица(хотя многие считают, что это-таки реальность была, просто Немо(ГГ) мозги почистили), а реальная история такова:
Предыстория совпадает с тем, о чём говориться в игре: в 2025 году жил-был молодой и ещё телесный Дизион, и был он крутым пилотом GR, но угораздило его втюриться в главу проекта DOE и создательницу сублимации доктора Йоко Ионе и пойти к ней в проект. Любовь была взаимной, что крайне не нравилось однокашнику Йоко Саймону(тому самому, ога), но он молчал в тряпочку.
И в один прекрасный вечер Йоко таки сублимировала Дизиона и стала отмечать это с реальным. Копия Дизиона была крайне возмущена. но вдруг она увидела через камеры слежения террористов, закладывающих бомбу в лабораторию, но, ясен пень, не докричалась.
после гибели Йоко и у Дизиона, и у Саймона поехала крыша(Дизион решил выкосить весь мир, Саймон решил выкосить Дизиона).

Ну и ещё в игре есть ДРАМА между Синтией и Фионой(одна из них по-любому погибает, другая мстит за это Уроборосу и Дизиону в частности).
И ещё Кейт, который считал Дизиона другом, а тот его кинул, вот.