стало ясно и понятно – более разговорный вариант что ли, плюс масло масленое.
В самом деле это разговорный оборот, я не знаю, в какой обстановке он употреблён в вашем тексте, анон, но я бы допускала такое либо в откровенном стёбе, либо в речи героя со специфической манерой общения. В авторской речи этот чрезмерно разговорный оборот действительно не смотрится, прежде всего именно потому, что это лексический повтор, пресловутое масло масляное. Не всё, что красиво смотрится на устной речи, можно так же легко перенести в письменную.

Этот был не из тех, молодых и самоуверенных, кто пропускает на стандартные миссии. -
Ну я тоже вижу предложение выдернутым из контекста, но я бы либо добавила, кого он пропускает на стандартные миссии, либо несколько перестроила бы последнюю часть предложения. Очень грубо говоря, "кто закрывает собой турникет, пропуская на миссии избранных". Но надо смотреть контекст, возможно, оно и всё в порядке на самом деле.

Никто впрямую ничего не говорил, но Тензо ощущал – словно его нервная система простиралась дальше него самого и там, где начинался другой человек, отсекалась, умолкала и сжималась в комок от холода.
Анон, у меня ощущение, что критика предложение царапнуло, но он не понял, чем, и потому написал не по делу. На мой субъективный взгляд (а тут, ИМХО, можно оценить только субъективно), автор переборщил с антропоморфизацией нервной системы. Иными словами, простиралась и отсекалась ещё нормально, а вот умолкала и сжималась уже лишнее. Кроме того, "умолкала" подразумевает, что раньше она что-то говорила.

в глубинных слоях памяти – и такие есть? Круто…
Тут всё нормально, придирка не по делу.

Удушье, испытанное когда-то в подвале Орочимару, запечатлелось в глубинных слоях памяти и поджидало момента, когда можно будет выбраться наружу.
Да, критик в данном случае совершенно прав. Основные косяки:
а) мелкий - не знаю, присутствует ли, зависит от смысла, который мне неизвестен. Если автор хотел сказать, что удушье испытывал Орочимару, то это не читается, читается "в подвале Орочимару". Если это действительно был подвал Орочимару, то чтобы не создавать двусмысленности, возможно, было бы лучше написать "в подвале у Орочимару";
б) крупный. Давай возьмём главные члены предложения и посмотрим, что выйдет. Удушье запечатлелось и поджидало (когда можно будет выбраться наружу). Видишь, нет? Запечатлелось в памяти действительно удушье. Но удушье ведь не поджидало момента, когда можно будет выбраться наружу, это делало разве что воспоминание об удушье. Кстати, обрати внимание: опять антропоморфизация. Этим приёмом на самом деле не надо пользоваться часто.

На всех медосмотрах исправно дышал
Всё нормально, придирка не по делу.

Этому было лет шестьдесят, а такой возраст – признак отличного шиноби и повод для уважения.
Действительно немного странно читается предложение. Но допускаю, что в контексте всё ок.

Зачем ему две, подумал Тензо и вдруг понял, что не дышит.
Тензо раскрыл рот
растаяла где-то между кучевым маленьким облачком и солнечным краем.
Всё нормально, придирки не по делу.

Тензо поднимался сам, упирался пальцами в прохладную траву и цеплялся взглядом за каждый стебелек, сосредотачиваясь на дыхании.
Здесь понимаю придирку критика. Само по себе "цеплялся взглядом" - вполне нормальное выражение, но рядом с употреблённым в прямом значении "упирался пальцами", в сцене, когда герой поднимается, воспринимается тоже как употреблённое в прямом значении - как будто бы герой действительно цепляется глазами (например, они на стебельках).

сдернув синюю глупую штору,
Мне кажется, чтобы придирок не было, надо поменять определения местами. Потому что "синяя" - характеристика объективная, "глупую" - оценочная. Оценочные лучше ставить перед объективными.

Штора повисла синим капитулировавшим флагом.
То же самое. Кроме того, флаг действительно не может капитулировать Опять антропоморфизация, здесь уже совсем неуместная, на мой взгляд.

Итого: критик в основном цепляется за те места, которые и правда царапают, но, видимо, по неопытности, не может толком сформулировать, что же его смутило. Плюс, скорее всего, опять-таки по неопытности, цепляет вполне нормальные места.